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分类信息网站怎么建设,wordpress无法跳转正确的404,怎样制作自己的网站,网站公司企业网站摘要#xff1a;DNA甲基化是最早被鉴定的表观修饰。动物基因组中DNA甲基化通常发生于CG二核苷酸#xff0c;然而#xff0c;植物中除CG甲基化外#xff0c;还存在大量非CG甲基化#xff08;CHG和CHH#xff0c;HA/G/T#xff09;。非CG甲基化对植物转座子沉默至关重要DNA甲基化是最早被鉴定的表观修饰。动物基因组中DNA甲基化通常发生于CG二核苷酸然而植物中除CG甲基化外还存在大量非CG甲基化CHG和CHHHA/G/T。非CG甲基化对植物转座子沉默至关重要同时也常见于启动子区如CHH island。前期研究认为非CG甲基化抑制转录因子TF结合1,2。然而该结论假设DNA甲基化不改变TF序列特异性即不改变TF基序假设未必成立。近日福建农林大学·海峡联合研究院朱方捷教授团队联合上海交通大学医学院附属第九人民医院·上海精准医学研究院黄晶研究员团队开发了高通量全甲基化系统进化技术methyl-SELEX与methyl-ampDAP-seq并利用其构建了54个WRKY家族TFs的461个顺式元件组文库。数据分析表明非CG甲基化可显著改变WRKY序列特异性且甲基化对WRKY亲和力的调控具明显双向性——取决于结合模式、位置、以及具体WRKY因子非CG甲基化既可抑制、也可促进TF结合。同时本工作提供了目前最完整的WRKY家族顺式元件组数据集构建了WRKY数据库WRCDhttps://transysbio.cn/WRKYRCDB.php。本研究于2025年11月20日在Nucleic Acids ResearchIF13.1在线发表题为“The specificity landscape of WRKY transcription factors reveals the bidirectional influence of non-CG methylation”。亮点•开发了高通量全甲基化顺式元件组鉴定技术。•提供最完整的WRKY顺式元件组图谱发现新型WRKY顺式元件。•揭示非CG甲基化对WRKY亲和力的双向调控。•构建WRKY顺式元件组数据库WRCD。内容概要本工作以拟南芥WRKY家族TFs为研究对象利用SELEX、DAP-seq、ampDAP-seq以及建立的高通量methyl-SELEX、methyl-ampDAP-seq系统研究了54个WRKY转录因子在非甲基化、体内天然甲基化、全甲基化背景下的序列特异性及全基因组顺式元件位点。共整理出201个WRKY单体基序图1上。本工作既鉴定到WRKY家族传统的顺式元件如W-box与WT-box也鉴定到了大量新型WRKY顺式元件。所有单体基序可聚为11类图1下其中5类为首次报道的WRKY家族序列特异性图1下粗体注释的class。11类单体基序中类别1-5为非甲基化时WRKY的识别基序类别6-11为甲基化时WRKY的识别基序表明甲基化可显著改变WRKY的序列特异性。此外对于已报导的WRKY顺式元件PRE4分析表明其仅在甲基化条件下可被WRKY识别。图1各WRKY识别的单体基序本工作进一步分析了有/无甲基化条件下WRKY二聚体的序列特异性结果表明甲基化不仅改变WRKY单体结合的序列特异性也改变WRKY同源二聚体的序列特异性。随后本工作系统解析了DNA甲基化对WRKY亲和力的影响图2证明了甲基化的影响具有明显双向性。1对于不同WRKY结合模式其亲和力对甲基化的响应不同图2A尽管WRKY识别的非甲基化、甲基化基序中均含有C或G但对于非甲基化时WRKY识别的基序相关序列甲基化时亲和力减弱对于甲基化时WRKY识别的基序相关序列甲基化时亲和力增强。2对于WRKY基序中不同位置的C甲基化的影响也不同图2C、E。例如对所有WRKYC4位的DNA甲基化均减弱其亲和力但C7位的甲基化对亲和力的影响则具多样性——增加WRKY29/35等的亲和力但减弱WRKY46/65等的亲和力。3此外DNA甲基化不但双向影响5mC自身与WRKY的亲和力也同时双向影响附近A/T碱基的亲和力图2F-H。进一步比较ampDAP-seq与methyl-ampDAP-seq文库表明甲基化时WRKY结合的全基因组顺式元件也发生明显的变化。然而甲基化条件下WRKY识别的顺式元件仍靶向WRKY的经典功能SA通路、免疫反应等因此推测植物基因组中的甲基化顺式元件也参与构建了WRKY下游的转录调控网络对WRKY行使正常生理功能具有重要意义。图2甲基化既可促进也可抑制WRKY结合最后为促进数据共享本研究整合新产生数据与先前已发表的WRKY顺式元件组数据构建了WRCD数据库图3https://transysbio.cn/WRKYRCDB.php图3WRKY顺式元件组数据库综上本研究绘制了WRKY顺式元件组图谱揭示了非CG甲基化可双向影响WRKY亲和力并可重塑WRKY的下游转录调控网络。所揭示的双向性影响为合成生物学中顺式元件的设计提供了重要参考例如植物转基因时外来基因常被DNA甲基化沉默根据本研究数据有望设计出甲基化条件下仍能结合TF并促进转录的顺式元件。福建农林大学生命科学学院已毕业博士研究生马娜娜、已毕业硕士研究生蒋定坤、未来技术学院博士研究生李甜、浙江大学博士后罗琳为该论文共同第一作者。福建农林大学海峡联合研究院朱方捷教授、生命科学学院郭洪洪讲师、上海精准医学研究院黄晶研究员为该论文的共同通讯作者。该研究得到国家自然科学基金、国家重点研发计划、福建省“雏鹰计划”、福建省重大专项以及福建农林大学的资助。原文链接https://academic.oup.com/nar/article/53/21/gkaf1168/8328560?searchresult1参考文献1. Charvin, M.et al. Single-cytosine methylation at W-boxes repels binding of WRKY transcription factors through steric hindrance. Plant Physiol.192, 77–84 (2023).2. O’Malley, R. C.et al. Cistrome and epicistrome features shape the regulatory DNA landscape. Cell165, 1280–1292 (2016).最全1000植物核基因组数据库IMP (点击图片直达)高颜值免费 SCI 在线绘图(点击图片直达)往期精品(点击图片直达文字对应教程)LinuxPythonR绘图NGS基础GEO高级生信自学生信书籍系列教程心得体会转录组经典宏基因组蛋白质组单细胞系列测序发展史免费在线画图色彩搭配图形排版图形解读ChIP-seqTCGAGSEAWGCNA海哥组学傻瓜系列文章写作CytoscapeExcelPPT机器学习